政府提出の「国立大学法人法案」は、国立大学のあり方について、「自律的な環境のもとで国立大学をより活性化し、すぐれた教育や特色ある研究に積極的に取り組む個性豊かな魅力ある国立大学を育てる」と謳っているが、その実際の内容は、これまで以上に国の関与を深め、各大学の主体的な発展を阻害し、ひいては日本の高等教育の将来を危うい方向へ導く恐れがあることから、「国立大学改悪法案」との批判が高まっている。

　民主党は、現在国の組織の一部と位置づけられている国立大学について、従来通りの形態を維持し続けるべきとは到底考えておらず、国の組織から切り離して各大学のひとつひとつに法人格を与えるという基本的スキームは評価する立場だが、具体的な法人化の手法については政府案とは異なるものであるべきとの判断から、下記の修正案を提出することとした。

【修正案のポイント】

（１）法案の目的規定中の「我が国の高等教育及び学術研究の水準の向上と均衡ある発展を図るため」を、各大学の個性を重視し、その主体的な努力による発展を期待する観点から、「〜自立的な発展を図るため」に改める。
（２）文部科学大臣が財務大臣と協議し定める「中期目標」を、国立大学法人等が作成し文部科学大臣に届け出るものに改める。

（３）国立大学法人等の評価について、様々な立場からの多元的な視点が導入されるべきとの観点から、評価の事務を掌る評価委員会は「大学評価・学位授与機構」以外の機関にも必要な調査を委託することができ、評価委員会の会議録は公表されること、この評価を総務省の「政策評価・独立行政法人評価委員会」による国立大学法人の評価から遮断すること、第３者評価の多元性確保のために国が必要な資金を確保することなど規定。
（４）その他、学長や役員の任命、経営協議会と教育研究評議会の構成や審議事項、国立大学法人が行う業務の範囲等について、政府案よりも各大学の自主性を尊重し、各々の発意と工夫を十分に活かせるよう改める。